Практически любой процесс — от разработки приложения до согласования документов — в Трекере можно сделать прозрачным и удобным для всех участников.
Trello — очень простой и понятный сервис, который позволяет видеть весь проект в общем и понимать, на какой стадии находится та или иная часть проекта.
Yandex.Трекер — система для организации работы в компании: распределения ресурсов и контроля выполнения задач.
Jira— популярный среди разработчиков инструмент для отслеживания задач по проекту. К бесплатной версии предлагается облако на 2Гб.
Redmine— открытое приложение для работы проектных команд, но потребуется время на освоение. Скорее всего, ваш сисадмин знает как пользоваться Redmine.